La familia era considerada la forma de unidad básica con respecto a la organización social de la cultura Zapoteca. Este aspecto es uno de los más destacados en las características de esta cultura.
Por roles de género
Según el sexo, le correspondía a la persona una determinada actividad. El hombre, como ya hemos visto; se dedicaba a la caza, comercio, pesca, siembra, elaboración de cerámica, y además se dirigía a la guerra.
En el caso de la mujer; esta se dedicaba a la recolección y la preparación de alimentos, sumado a ello la atención en el hogar.

Por clases sociales
Según los oficios que ejecutaba cada persona era situado en alguna clase social:
Clase dominante:
- Militares
- Sacerdotes
- Comerciantes
Clase dominada
- Campesinos
- Cargadores
- Cazadores
- Orfebres
- Tejedores
El pueblo en general, era gobernado por un rey, que era auxiliado por algún sacerdote o militar.
Condiciones de vida
Quienes vivían en habitaciones de mampostería eran los que hacían las veces de dirigentes del pueblo. Estos, habitaban en casas de materiales que realmente eran perecederos.
En todo caso, los hombres eran obligados a ir a la guerra. Pero, toda su organización y motivación social era predominada por la forma social jerárquico-religiosa.
Matrimonios
El sistema de organización social de la cultura Zapoteca permitía ejercer el matrimonio con miembros de la misma familia. Sin embargo, no estaba prohibido que se contrajera matrimonio con algún miembro de otras familias.
Basado en esto, se permitía el matrimonio de unión libre y el matrimonio por la iglesia católica. Pues, ellos se convirtieron al cristianismo con la llegada de los españoles en la conquista.
Predominancia patriarcal
La cultura Zapoteca es una cultura netamente patriarcal. Por lo tanto, el centro de la organización social es el hombre, por consiguiente.
Es muy común que las familias de los zapotecas estén formadas por padres, hijos, abuelos, etc. En el caso de que solo estén formadas por los padres e hijos, estos suelen vivir muy cerca del resto de la familia.
Para los zapotecas, delimitar los límites les ayudó a moldear la base de su prosperidad como civilización aborigen. Permitiéndoles, resistir efectivamente por más tiempo, a las conquistas de los europeos.

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